Beslutningen er taget "af moralske grunde", oplyser militæret i en meddelelse.
Episoden fandt sted i weekenden og blev optaget på video af en aktivistgruppe, som den unge aktivist var en del af.
Sammen med omkring 60 andre udenlandske og palæstinensiske aktivister blokerede han en stor vej i Israel i protest mod den israelske politik over for palæstinenserne.
Billederne har fået flere af Israels politiske og militære ledere til at fordømme officerens handling, og oberstløjtnanten, Shalom Eisner, blev omgående suspenderet fra tjeneste.
Onsdag besluttede Israels stabschef, generalløjtnant Benny Gantz, at Eisner skulle fyres.
Gantz siger i meddelelsen, at der foruden det moralske aspekt også er sket "professionelle og kommandomæssige svigt" fra Eisners side.
Fyringen indebærer, at den kritiserede oberstløjtnant er fjernet fra sin post som næstkommanderende fra officersskolen, og at han ikke må gøre tjeneste på en ledende militær post inden for de næste to år.
Episoden, hvor Eisner banker sit gevær i ansigtet på den danske aktivist, blev søndag fordømt af Israels premierminister, Benjamin Netanyahu.
Han understregede, at en sådan opførsel "ikke hører hjemme i IDF (det israelske forsvar, red.) og i staten Israel".
/ritzau/
Seneste artikler
Bent gør det ikke for priserne, men fik én alligevel
Guide til aktiviteter i efterårsferien
Omfattende strømafbrydelse ramte dele af Falster
Antallet af hjemløse stiger markant på Lolland
Løb efterårsferien ind med sørgebind
Mest læste artikler
Brand i sukkerfabrik
Tom bil på Farøbroen: Eftersøgning fortsætter mandag
Fundet livløs i rabatten: Cyklist fløjet til Rigshospitalet
Stjal 450.000 fra gymnastikfolk og tipsklub
Truede med at skyde bekendt: Fandt våben hos kvinde