Norbert Röttgen stille op som spidskandidat for Merkels konservative CDU-parti ved delstatsvalget i Nordrhein-Westfalen, Tysklands folkerigeste delstat.
Men han og CDU led et forsmædelig nederlag og fik kun 26 procent af stemmerne mod Socialdemokraternes 39 procent.
Nederlaget ses som et alvorligt tilbageslag for Merkel lokalt og på landsplan.
Den 46-årige Röttgen har længe været en af Merkels nære fortrolige, og han har været på tale som en mulig efterfølger til Merkel. Han har tillige været viceformand for CDU og formand for partiet i Nordrhein-Westfalen.
Meddelelsen kom på et hastigt indkaldt pressemøde i Berlin, hvor Merkel sagde, at hun har bedt præsident Joachim Gauck om at frigøre Röttgen for sine forpligtigelser, så hun kan foretage "personalemæssige ændringer".
Norbert Röttgens afgang var ventet, efter at han trak sig fra sine tillidsposter i CDU umiddelbart efter valgnederlaget søndag.
Röttgen efterfølges af Peter Altmaier, der også kommer fra CDU.
/ritzau/dpa
Seneste artikler
Nye krimier afslører landsdelens mørke hemmeligheder
Direktør langer ud efter havbrugskritikere: – De er direkte onde
Vil du have indflydelse på de nye skoledistrikter? Her er fristen
Lokale vil have havbrug væk: – Vi bader i fedtemøg
Fejø manglede en læge – så kom der to
Mest læste artikler
Brand i sukkerfabrik
Tom bil på Farøbroen: Eftersøgning fortsætter mandag
Fundet livløs i rabatten: Cyklist fløjet til Rigshospitalet
Stjal 450.000 fra gymnastikfolk og tipsklub
Truede med at skyde bekendt: Fandt våben hos kvinde