Merah, som dræbte syv mennesker, inden han blev skudt af politiet i sidste uge, blev torsdag lagt i graven på kirkegården Cornebarrieu, som ligger i den sydvestlige del af den franske by.
Omkring 15 mennesker - fortrinsvis unge mænd - ledsagede den 23-årige Merahs kiste, som var udsmykket med guldhåndtag, og inden den al-Qaida-inspirerede morder blev lagt i jorden, blev der fremsagt muslimske bønner.
Under begravelsen blev journalister holdt ude af kirkegården af ​​politiet.
En muslimsk embedsmand, Abdallah Zekri, siger, at graven vil være anonym.
- Familien ønskede en begravelse, der er så enkel og diskret som muligt, siger han.
I de seneste dage har både Frankrig og Algeriet afvist at begrave manden. Det var familiens plan at flyve Merahs lig til Algeriet torsdag, hvor hans far bor.
Men myndighederne i Algier sagde nej og begrundede det med "sikkerhedshensyn".
I stedet forhørte familien sig hos de franske myndigheder, men her sagde borgmester Pierre Cohen altså også stop.
- Borgmesteren føler, at det er upassende at begrave ham i byen Toulouse, så han har bedt de juridiske myndigheder om at udskyde begravelsen i 24 timer, lød det så sent som torsdag eftermiddag i en erklæring.
Kort efter blandede præsident Nicolas Sarkozy sig imidlertid i sagen og opfordrede til, at morderen begraves "uden videre diskussion".
Den 23-årige Merah forsøgte inden sin død at forskanse sig i en lejlighed i Toulouse, men efter 32 timer afsluttede politiets kugler hans liv.
Under belejringen erkendte han at have dræbt tre soldater, en jødisk rabbiner og tre jødiske skolebørn.
/ritzau/AFP
Seneste artikler
50 liter narko i BMW’en: Tysk par får fængsel og udvises
Langholt slår igen mod tilsyn: Uenig i afgørelse
Købte dyre ejendomme og leasede luksusbiler: Derfor mister bosted sin godkendelse
Efter brandulykke: Sådan skal de ansatte hjælpes videre
Efter redegørelse: - Det kunne jeg have fundet på nettet
Mest læste artikler
Efter stor eftersøgning: Mand fundet livløs i vandet
Mand fundet død i Maribosøerne
DMI udsender varsel
Kommune hjemsender omstridt centerchef
Efter 69 år: Vil rive gigantisk vartegn ned